ニューロンシミュレータSPINEを作りました
はじめに
このブログを更新するのも久々ですね．
世の中はCOVID-19のせいで色々と自粛モード(投稿時現在)ですが，みなさまいかがお過ごしでしょうか？
私も在宅で研究活動をし，リモートでゼミを行うという日々を過ごしています．
通学時間がなかったり，今年からバイトをやめてしまったので時間が有り余っています．
そこで，これを機に今まで避けていたことを勉強しようと思い立ちました．
ニューロンの数理モデルの話
私の研究分野はスパイキングニューラルネットワークというマイナーなものなのですが，神経科学の分野にも若干足を踏み込んでいます．
そう言った話を勉強していると度々，神経細胞を数理モデルとして表現する，という話題が出てきます．
ニューロンの数理モデルはたくさんあるのですが，神経科学の世界では深層学習で使われているようなニューロンモデルとは様子が違います．
わかりやすく言えば，AI界隈が使うニューロンモデルよりずっと複雑です．
Hodgkin-Huxleyモデル
ニューロンモデルの中で，一番複雑なモデルとしてHodgkin-Huxleyモデルというものがあります．
こいつは，なんと10個の方程式からなるニューロンモデルで，神経細胞膜に存在するイオンチャネルを３種類まで再現した変態モデルです．(変態なんて言っちゃいけないね)
で，それを勉強してPythonで実装したのですが，これをなんとか再利用する形にできないだろうかと考えました．
Hodgkin-Huxleyニューロンモデルを実装してみる - Qiita
そこでPythonパッケージ化してしまおう，という考えに至ったわけです．
SPINE
キャッチコピーは
SPINE is a simple Spiking Neuron simulator
まあその言葉の通り，シンプルなニューロンシミュレータですよ，って感じです．
この言葉は嘘ではなく，マジで必要最低限のコードしか書いていないです．
対象者は，神経科学入門者，スパイキングニューラルネットワーク入門者です．
ちなみに日本語ドキュメントは，spine.hirlab.netで，
コードはHiroshiARAKI/spine: SPINE is a simple Spiking Neuron simulatorです．
本記事はこのパッケージの紹介用のもので，詳細は上記ドキュメントを読んでくれると幸いです．
おわりに
SPINEの紹介用記事でした．
ロゴもパッと思いついたものなんですが，個人的には意外とイケていて気に入ってます．
名前はただの略称なんですが，Spineって「脊椎」って意味らしいですね．
近いような近くないような...
まあいっか，ってことで名前もSPINEとしました．
何かと被っていそうですが，まあ商用とかでもないので良いでしょう．
みなさん是非いじってみてください〜．
おわり．
